Index

A

accurate_mass_search() (in module skripts.FIA.FIA) align_retention_times() (in module skripts.FIA.FIA)

annotate_consensus_map_df() (in module skripts.FIA.FIA) ask_tell_optimization() (in module skripts.VAE.VAE_smac) assign_feature_maps_polarity() (in module skripts.FIA.FIA)

B

batch_download() (in module skripts.FIA.FIA) bin_df_stepwise() (in module skripts.FIA.FIA) bin_df_stepwise_batch() (in module skripts.FIA.FIA)

bits_to_bytes() (in module skripts.FIA.FIA) (in module skripts.helpers.pc_stats) build_directory() (in module skripts.FIA.FIA)

C

centroid_batch() (in module skripts.FIA.FIA) centroid_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) check_ending_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) clean_dir() (in module skripts.FIA.FIA) cluster_matlab() (in module skripts.FIA.FIA) cluster_sliding_window() (in module skripts.FIA.FIA)

combine_dc() (in module skripts.helpers.combine_dfs) combine_spectra_experiments() (in module skripts.FIA.FIA) concat_dfs() (in module skripts.helpers.combine_dfs) consensus_features_linking() (in module skripts.FIA.FIA) consensus_map_to_df() (in module skripts.FIA.FIA) convert_to_utf8() (in module skripts.helpers.file_handling) copy_experiment() (in module skripts.FIA.FIA)

D

define_metabolite_table() (in module skripts.FIA.FIA) deisotope_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) deisotope_spectrum() (in module skripts.FIA.FIA)

detect_adducts() (in module skripts.FIA.FIA) dict_permutations() (in module skripts.ML.ML4com) dynamic_plot() (in module skripts.FIA.FIA)

E

elution_peak_detection() (in module skripts.FIA.FIA) elution_peak_detection_batch() (in module skripts.FIA.FIA) evaluate_model_sklearn() (in module skripts.ML.ML4com)

extract_best_hyperparameters_from_incumbent() (in module skripts.ML.ML4com) extract_feature_coord() (in module skripts.FIA.FIA) extract_from_clustering() (in module skripts.FIA.FIA) extract_metrics() (in module skripts.ML.ML4com)

F

feature_detection_targeted() (in module skripts.FIA.FIA) feature_detection_untargeted() (in module skripts.FIA.FIA) feature_detection_untargeted_batch() (in module skripts.FIA.FIA)

FIA_VAE_tune (class in skripts.VAE.VAE_smac) filter_consensus_map_df() (in module skripts.FIA.FIA) find_close() (in module skripts.FIA.FIA)

I

impute_consensus_map_df() (in module skripts.FIA.FIA)

individual_layers_to_tuple() (in module skripts.ML.ML4com) intersect_impute_on_left() (in module skripts.ML.ML4com)

J

join_df_by() (in module skripts.FIA.FIA)

join_df_metNames() (in module skripts.ML.ML4com)

L

limit_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) limit_spectrum() (in module skripts.FIA.FIA) load_experiment() (in module skripts.FIA.FIA)

load_experiments() (in module skripts.FIA.FIA) load_fia_df() (in module skripts.FIA.FIA) load_name() (in module skripts.FIA.FIA) load_names_batch() (in module skripts.FIA.FIA)

M

main() (in module skripts.helpers.combine_dfs) (in module skripts.VAE.VAE_smac) make_merge_dict() (in module skripts.FIA.FIA) mass_trace_detection() (in module skripts.FIA.FIA) mass_trace_detection_batch() (in module skripts.FIA.FIA) mat_to_tsv() (in module skripts.helpers.file_handling) mat_to_tsv_batch() (in module skripts.helpers.file_handling) merge_batch() (in module skripts.FIA.FIA) merge_by_mz() (in module skripts.FIA.FIA) merge_compounds() (in module skripts.FIA.FIA) merge_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) merge_experiments() (in module skripts.FIA.FIA) merge_mz_tolerance() (in module skripts.FIA.FIA) mnx_to_oms() (in module skripts.FIA.FIA)

module skripts skripts.FIA skripts.FIA.FIA skripts.helpers skripts.helpers.combine_dfs skripts.helpers.file_handling skripts.helpers.normalization skripts.helpers.pc_stats skripts.ML skripts.ML.ML4com skripts.Presentation skripts.Presentation.plot skripts.VAE skripts.VAE.VAE_smac

N

nested_cross_validate_model_sklearn() (in module skripts.ML.ML4com)

normalize_spectra() (in module skripts.FIA.FIA)

P

parse_folder() (in module skripts.helpers.file_handling) plot_cv_confmat() (in module skripts.ML.ML4com) plot_decision_trees() (in module skripts.ML.ML4com) plot_feature_map_rt_alignment() (in module skripts.FIA.FIA) plot_features_3D() (in module skripts.FIA.FIA)

plot_id_df() (in module skripts.FIA.FIA) plot_mass_traces() (in module skripts.FIA.FIA) plot_metrics_df() (in module skripts.ML.ML4com) print_available_gpus() (in module skripts.helpers.pc_stats) print_params() (in module skripts.FIA.FIA) print_utilization() (in module skripts.helpers.pc_stats)

Q

quick_plot() (in module skripts.FIA.FIA)

R

read_df() (in module skripts.helpers.combine_dfs) read_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) read_feature_map_XML() (in module skripts.FIA.FIA)

read_feature_maps_XML() (in module skripts.FIA.FIA) read_mnx() (in module skripts.FIA.FIA) remove_by_filename() (in module skripts.helpers.file_handling) run_optimization() (in module skripts.VAE.VAE_smac)

S

save_runtime() (in module skripts.VAE.VAE_smac) separate_feature_maps_pos_neg() (in module skripts.FIA.FIA) SKL_Classifier (class in skripts.ML.ML4com) skripts module skripts.FIA module skripts.FIA.FIA module skripts.helpers module skripts.helpers.combine_dfs module skripts.helpers.file_handling module skripts.helpers.normalization module skripts.helpers.pc_stats module

skripts.ML module skripts.ML.ML4com module skripts.Presentation module skripts.Presentation.plot module skripts.VAE module skripts.VAE.VAE_smac module smooth_spectra() (in module skripts.FIA.FIA) sns_plot() (in module skripts.FIA.FIA) standard_normalization() (in module skripts.helpers.normalization) store_experiment() (in module skripts.FIA.FIA) store_feature_maps() (in module skripts.FIA.FIA) sum_spectra() (in module skripts.FIA.FIA)

T

targeted_feature_detection() (in module skripts.FIA.FIA) targeted_features_detection() (in module skripts.FIA.FIA) time_step() (in module skripts.VAE.VAE_smac) total_ion_count_normalization() (in module skripts.helpers.normalization) train() (skripts.ML.ML4com.SKL_Classifier method) (skripts.VAE.VAE_smac.FIA_VAE_tune method)

trim_threshold() (in module skripts.FIA.FIA) trim_threshold_batch() (in module skripts.FIA.FIA) tune_classifier() (in module skripts.ML.ML4com) tune_train_model_sklearn() (in module skripts.ML.ML4com)

U

untargeted_feature_detection() (in module skripts.FIA.FIA)

untargeted_features_detection() (in module skripts.FIA.FIA)

V

validate_incumbent() (in module skripts.VAE.VAE_smac)

W

write_df() (in module skripts.helpers.combine_dfs)